Noch verfügt Formentera über einige Ecken unberührter Natur, die jedoch zusehends dem Tourismus weichen müssen. Auch sind große Teile der Küstenregion landschaftliche Schutzgebiete, wo man z.B. nur mit Genehmigung tauchen darf.

Eines der bekanntesten Naturschutzgebiete auf Formentera ist La Mola, das mit einer Höhe von 200m über dem Meeresspiegel auch eine der höchsten Punkte auf der Insel darstellt. Hier findet man einige seltene Pflanzenarten wie zum Beispiel die Aleppo-Kiefer, die Zwergpalme, wilder Wacholder...

Aber auch kleine mediterrane Reptilien wie verschiedene Echsenarten sind hier zu Hause.

Besonderer Augenmerk ist noch auf die vielen kleinen vorgelagerten Inseln, die sog. Pitusen gelegt. Sie sind alle Naturschutzgebiete, wo sich Flora und Fauna nahezu ungestört entwickeln können.

Und eine Besonderheit der Insel ist noch Las Salinas, der Salzsee im Nordwesten der Insel, der für die meisten Pflanzen und Tiere ein unwirtlicher Lebensraum ist. Dennoch gelingt es einigen Pflanzen und Tieren, auch hier zu leben, was dieses Gebiet besonders interessant macht!